Find PCR primer pairs ordered by the average degree of conservation in diverse sequence alignments

The table lists different measures of sequence conservation for all pairs of PCR primers with a predicted amplicon >70 bp and <1000 bp in the HIV reference genome:
-PIS: percentage of identical sites
-3'PIS: percentage of identical sites in the last five nucleotides at the 3' end of oligonucleotide
-PPI: percentage of pairwise identity
-HIVoligoDB score: mean value of PIS, 3'PIS and PPI
-Melting temperature (Tm)
-Free energy is presented in kcal/mol. Formation of dimers is more probable if the free energy is very low (<-7 kcal/mol).
The mean values for each oligonucleotide were obtained considering all sequence alignments used the database. The mean value of both primers for each pair is indicated in the table.

Primer 1 Primer 2 Amplicon length Mean PIS Mean 3'PIS Mean PPI Score Primer 1 Tm Primer 2 Tm Dimer Free Energy
Primer 1 Primer 2 Amplicon length Mean PIS Mean 3'PIS Mean PPI Score Primer 1 Tm Primer 2 Tm Dimer Free Energy
HIV1ID0001 HIV1ID0002 94 26.09 10 94.77 43.62 51.54 53.53 -5.6
HIV1ID0001 HIV1ID0004 142 0 0 94.39 31.46 51.54 64.23 -4.5
HIV1ID0001 HIV1ID0005 994 25.93 40 92.77 52.9 51.54 61.58 -4.2
HIV1ID0001 HIV1ID0010 998 24 30 93.28 49.09 51.54 61.28 -3.1
HIV1ID0001 HIV1ID0022 98 27.09 20 94.69 47.26 51.54 55.80 -4.6
HIV1ID0001 HIV1ID0025 611 2 0 85.47 29.16 51.54 54.04 -3
HIV1ID0001 HIV1ID0027 537 7.89 20 88.16 38.68 51.54 47.41 -6
HIV1ID0001 HIV1ID0039 99 26.47 20 94.89 47.12 51.54 47.21 -4.6
HIV1ID0001 HIV1ID0051 996 23.44 20 92.48 45.31 51.54 65.00 -3.9
HIV1ID0001 HIV1ID0052 900 28.12 40 92.28 53.47 51.54 61.78 -5.5
HIV1ID0001 HIV1ID0053 920 27.42 40 92.7 53.37 51.54 64.14 -5.9
HIV1ID0001 HIV1ID0054 903 28.12 30 92.28 50.13 51.54 60.08 -5.5
HIV1ID0001 HIV1ID0060 145 2.5 0 94.55 32.35 51.54 68.12 -4.5
HIV1ID0001 HIV1ID0061 97 26.93 10 94.87 43.93 51.54 62.87 -5.6
HIV1ID0001 HIV1ID0062 89 22.22 10 94.56 42.26 51.54 62.36 -5
HIV1ID0001 HIV1ID0063 78 0 0 92.67 30.89 51.54 66.79 -6.1
HIV1ID0001 HIV1ID0096 806 16.66 20 93.17 43.28 51.54 47.35 -6.7
HIV1ID0001 HIV1ID0097 690 17.5 30 92.72 46.74 51.54 47.65 -5.6
HIV1ID0001 HIV1ID0162 135 0 0 90.22 30.07 51.54 61.73 -3.1
HIV1ID0001 HIV1ID0177 300 6.67 10 95.47 37.38 51.54 52.80 -3.5
HIV1ID0001 HIV1ID0178 419 15.52 30 90.3 45.27 51.54 66.44 -8.1
HIV1ID0001 HIV1ID0194 987 31.58 30 93.41 51.66 51.54 52.38 -5.8
HIV1ID0001 HIV1ID0200 193 0 0 91.92 30.64 51.54 57.19 -3.8
HIV1ID0001 HIV1ID0203 455 2.27 20 88.82 37.03 51.54 53.38 -5.8
HIV1ID0001 HIV1ID0209 129 0 0 81.25 27.08 51.54 52.04 -3
HIV1ID0001 HIV1ID0221 608 1.93 0 85.78 29.24 51.54 57.38 -3.6
HIV1ID0001 HIV1ID0223 556 4 10 86.37 33.46 51.54 58.53 -3.8
HIV1ID0001 HIV1ID0225 508 10 0 88.03 32.68 51.54 55.21 -5.5
HIV1ID0001 HIV1ID0227 484 2.38 0 83.63 28.67 51.54 57.47 -4.6
HIV1ID0001 HIV1ID0229 467 3.57 0 86.38 29.98 51.54 58.52 -5.3
HIV1ID0001 HIV1ID0231 446 3.84 0 89.44 31.09 51.54 56.76 -3.4
HIV1ID0001 HIV1ID0233 426 6 0 88.07 31.36 51.54 56.79 -4.1
HIV1ID0001 HIV1ID0235 329 6.52 10 88.41 34.98 51.54 58.80 -3.5
HIV1ID0001 HIV1ID0237 360 7.89 0 91.08 32.99 51.54 58.62 -3.1
HIV1ID0001 HIV1ID0239 285 18.18 20 95.19 44.46 51.54 59.12 -3.5
HIV1ID0001 HIV1ID0241 240 7.14 10 95.45 37.53 51.54 57.76 -4
HIV1ID0001 HIV1ID0243 217 3.33 0 88.08 30.47 51.54 55.99 -4.6
HIV1ID0001 HIV1ID0245 152 0 0 93.85 31.28 51.54 56.66 -4.4
HIV1ID0001 HIV1ID0247 109 0 20 88.67 36.23 51.54 58.85 -6.4
HIV1ID0001 HIV1ID0249 74 0 30 92.69 40.9 51.54 58.39 -6.1
HIV1ID0002 HIV1ID0006 810 54.42 40 94.87 63.1 53.53 63.93 -6.5
HIV1ID0002 HIV1ID0009 760 47.83 30 95.63 57.82 53.53 61.06 -5.4
HIV1ID0002 HIV1ID0015 810 57.66 40 94.31 63.99 53.53 50.85 -5.2
HIV1ID0002 HIV1ID0018 993 38.99 30 91.87 53.62 53.53 58.40 -7.3
HIV1ID0002 HIV1ID0024 231 30.09 20 96.59 48.89 53.53 62.97 -6.8
HIV1ID0002 HIV1ID0026 234 31.64 10 96.15 45.93 53.53 51.00 -4.7
HIV1ID0002 HIV1ID0029 849 52.28 50 96.02 66.1 53.53 56.77 -4.7
HIV1ID0002 HIV1ID0031 920 52.17 20 95.18 55.78 53.53 56.44 -3.8
HIV1ID0002 HIV1ID0046 684 43.28 40 94.64 59.3 53.53 59.62 -5.7
HIV1ID0002 HIV1ID0047 699 44.84 20 93.82 52.88 53.53 61.12 -5.5
HIV1ID0002 HIV1ID0048 726 43.28 30 94.94 56.07 53.53 65.54 -8.5
HIV1ID0002 HIV1ID0055 121 29.12 30 93.98 51.03 53.53 64.84 -7.8
HIV1ID0002 HIV1ID0056 102 32.15 40 94 55.38 53.53 64.37 -10.6
HIV1ID0002 HIV1ID0057 93 26.09 10 93.49 43.19 53.53 66.16 -10.5
HIV1ID0002 HIV1ID0058 80 32.75 30 95.14 52.63 53.53 67.69 -11
HIV1ID0002 HIV1ID0079 204 44.27 40 97.71 60.66 53.53 53.26 -5.6
HIV1ID0002 HIV1ID0080 249 30.63 10 92.75 44.46 53.53 55.36 -4.5
HIV1ID0002 HIV1ID0081 337 42.75 20 95.06 52.6 53.53 61.44 -6.3
HIV1ID0002 HIV1ID0082 474 28.36 10 91.4 43.25 53.53 54.11 -8
HIV1ID0002 HIV1ID0083 516 43.59 10 94.94 49.51 53.53 50.93 -4
HIV1ID0002 HIV1ID0084 572 26.09 10 86.82 40.97 53.53 54.09 -4.6
HIV1ID0002 HIV1ID0085 619 42.09 20 93.72 51.94 53.53 57.02 -6.4
HIV1ID0002 HIV1ID0086 848 52.28 40 96.02 62.77 53.53 56.21 -4.7
HIV1ID0002 HIV1ID0087 915 54.34 50 95.31 66.55 53.53 57.10 -6.6
HIV1ID0002 HIV1ID0140 615 43.59 20 94.83 52.81 53.53 39.08 -2.4
HIV1ID0002 HIV1ID0141 678 43.59 30 94.84 56.14 53.53 44.51 -4.7
HIV1ID0002 HIV1ID0152 939 40.9 10 95.11 48.67 53.53 61.58 -6.2
HIV1ID0002 HIV1ID0153 82 37.85 40 96.77 58.21 53.53 53.94 -6.9
HIV1ID0002 HIV1ID0155 927 47.52 30 95.92 57.81 53.53 52.50 -3.7
HIV1ID0002 HIV1ID0191 751 41.88 20 95.06 52.31 53.53 50.58 -4.1
HIV1ID0002 HIV1ID0193 816 54.09 30 94.55 59.55 53.53 55.74 -4.7
HIV1ID0002 HIV1ID0208 102 34.42 40 93.68 56.03 53.53 54.64 -9.5
HIV1ID0002 HIV1ID0220 488 31.86 20 90.21 47.35 53.53 55.72 -5.7
HIV1ID0002 HIV1ID0222 425 34.78 20 89.08 47.95 53.53 57.43 -7.9
HIV1ID0002 HIV1ID0224 412 28.36 20 86.67 45.01 53.53 58.87 -6.4
HIV1ID0002 HIV1ID0226 365 30.84 10 92.05 44.3 53.53 55.77 -5.4
HIV1ID0002 HIV1ID0228 360 30.84 10 92.14 44.33 53.53 57.06 -6.1
HIV1ID0002 HIV1ID0230 347 33.23 20 90.65 47.96 53.53 56.82 -4.1
HIV1ID0002 HIV1ID0232 283 33.23 20 93.31 48.85 53.53 56.44 -4.1
HIV1ID0002 HIV1ID0234 213 44.27 40 97.71 60.66 53.53 59.12 -6.7
HIV1ID0002 HIV1ID0236 238 30.84 10 94.86 45.23 53.53 57.53 -4.9
HIV1ID0002 HIV1ID0238 180 44.51 10 95.81 50.11 53.53 56.79 -6.8
HIV1ID0002 HIV1ID0240 133 26.09 10 88.35 41.48 53.53 56.44 -6.5
HIV1ID0002 HIV1ID0242 72 29.21 20 97.08 48.76 53.53 58.23 -5.4
HIV1ID0003 HIV1ID0004 124 0 0 95.23 31.74 50.51 64.23 -5
HIV1ID0003 HIV1ID0005 976 25.93 40 93.61 53.18 50.51 61.58 -4
HIV1ID0003 HIV1ID0010 980 24 30 94.12 49.37 50.51 61.28 -4
HIV1ID0003 HIV1ID0022 80 27.09 20 95.53 47.54 50.51 55.80 -3.8
HIV1ID0003 HIV1ID0025 593 2 0 86.31 29.44 50.51 54.04 -3.9
HIV1ID0003 HIV1ID0027 519 7.89 20 89 38.96 50.51 47.41 -4.4
HIV1ID0003 HIV1ID0039 81 26.47 20 95.73 47.4 50.51 47.21 -3.8
HIV1ID0003 HIV1ID0050 989 20.31 20 94.04 44.78 50.51 62.89 -4
HIV1ID0003 HIV1ID0051 978 23.44 20 93.33 45.59 50.51 65.00 -4.1
HIV1ID0003 HIV1ID0052 882 28.12 40 93.12 53.75 50.51 61.78 -6.4
HIV1ID0003 HIV1ID0053 902 27.42 40 93.54 53.65 50.51 64.14 -6.8
HIV1ID0003 HIV1ID0054 885 28.12 30 93.12 50.41 50.51 60.08 -5.4
HIV1ID0003 HIV1ID0060 127 2.5 0 95.39 32.63 50.51 68.12 -5
HIV1ID0003 HIV1ID0061 79 26.93 10 95.71 44.21 50.51 62.87 -4.8
HIV1ID0003 HIV1ID0062 71 22.22 10 95.41 42.54 50.51 62.36 -4
HIV1ID0003 HIV1ID0096 788 16.66 20 94.01 43.56 50.51 47.35 -4
HIV1ID0003 HIV1ID0097 672 17.5 30 93.56 47.02 50.51 47.65 -3.7
HIV1ID0003 HIV1ID0162 117 0 0 91.06 30.36 50.51 61.73 -4
HIV1ID0003 HIV1ID0177 282 6.67 10 96.31 37.66 50.51 52.80 -3.8
HIV1ID0003 HIV1ID0178 401 15.52 30 91.14 45.55 50.51 66.44 -10.8
HIV1ID0003 HIV1ID0194 969 31.58 30 94.25 51.94 50.51 52.38 -7.2
HIV1ID0003 HIV1ID0200 175 0 0 92.77 30.92 50.51 57.19 -4.4
HIV1ID0003 HIV1ID0203 473 2.27 20 89.66 37.31 50.51 53.38 -7.3
HIV1ID0003 HIV1ID0209 111 0 0 82.09 27.36 50.51 52.04 -4
HIV1ID0003 HIV1ID0221 590 1.93 0 86.62 29.52 50.51 57.38 -6.1
HIV1ID0003 HIV1ID0223 538 4 10 87.21 33.74 50.51 58.53 -5
HIV1ID0003 HIV1ID0225 490 10 0 88.88 32.96 50.51 55.21 -5.5
HIV1ID0003 HIV1ID0227 466 2.38 0 84.47 28.95 50.51 57.47 -4.7
HIV1ID0003 HIV1ID0229 449 3.57 0 87.22 30.26 50.51 58.52 -3.9
HIV1ID0003 HIV1ID0231 428 3.84 0 90.28 31.38 50.51 56.76 -6.9
HIV1ID0003 HIV1ID0233 408 6 0 88.91 31.64 50.51 56.79 -5
HIV1ID0003 HIV1ID0235 311 6.52 10 89.25 35.26 50.51 58.80 -3.8
HIV1ID0003 HIV1ID0237 342 7.89 0 91.92 33.27 50.51 58.62 -4.6
HIV1ID0003 HIV1ID0239 267 18.18 20 96.03 44.74 50.51 59.12 -3.6
HIV1ID0003 HIV1ID0241 222 7.14 10 96.29 37.81 50.51 57.76 -3
HIV1ID0003 HIV1ID0243 199 3.33 0 88.92 30.75 50.51 55.99 -5.4
HIV1ID0003 HIV1ID0245 134 0 0 94.69 31.56 50.51 56.66 -6.6
HIV1ID0003 HIV1ID0247 91 0 20 89.52 36.51 50.51 58.85 -5.6
HIV1ID0004 HIV1ID0006 762 28.34 30 94.49 50.94 64.23 63.93 -7.1
HIV1ID0004 HIV1ID0009 712 21.74 20 95.25 45.66 64.23 61.06 -7.8
HIV1ID0004 HIV1ID0015 762 31.58 30 93.93 51.84 64.23 50.85 -7.1
HIV1ID0004 HIV1ID0018 945 12.9 20 91.48 41.46 64.23 58.40 -5.1
HIV1ID0004 HIV1ID0021 78 0 0 94.22 31.41 64.23 53.00 -5.3
HIV1ID0004 HIV1ID0024 183 4 10 96.2 36.73 64.23 62.97 -6.7
HIV1ID0004 HIV1ID0026 186 5.55 0 95.77 33.77 64.23 51.00 -6.5
HIV1ID0004 HIV1ID0029 801 26.19 40 95.64 53.94 64.23 56.77 -6.9
HIV1ID0004 HIV1ID0031 872 26.09 10 94.8 43.63 64.23 56.44 -4.8
HIV1ID0004 HIV1ID0038 108 6.67 20 95.54 40.73 64.23 54.54 -5.4
HIV1ID0004 HIV1ID0046 636 17.19 30 94.25 47.15 64.23 59.62 -5.9
HIV1ID0004 HIV1ID0047 651 18.75 10 93.44 40.73 64.23 61.12 -5.9
HIV1ID0004 HIV1ID0048 678 17.19 20 94.56 43.91 64.23 65.54 -9.3
HIV1ID0004 HIV1ID0055 169 3.03 20 93.6 38.88 64.23 64.84 -9.5
HIV1ID0004 HIV1ID0056 150 6.06 30 93.62 43.23 64.23 64.37 -8.2
HIV1ID0004 HIV1ID0057 141 0 0 93.11 31.04 64.23 66.16 -9.7
HIV1ID0004 HIV1ID0058 128 6.67 20 94.76 40.47 64.23 67.69 -9.3
HIV1ID0004 HIV1ID0059 113 15.28 50 93.25 52.84 64.23 70.26 -8.6
HIV1ID0004 HIV1ID0079 156 18.18 30 97.33 48.5 64.23 53.26 -10.2
HIV1ID0004 HIV1ID0080 201 4.54 0 92.37 32.3 64.23 55.36 -7.1
HIV1ID0004 HIV1ID0081 289 16.66 10 94.67 40.45 64.23 61.44 -10.9
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HIV1ID0015 HIV1ID0051 132 55.02 50 92.03 65.68 50.85 65.00 -6.5
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HIV1ID0015 HIV1ID0061 767 58.5 40 94.41 64.3 50.85 62.87 -6
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HIV1ID0028 HIV1ID0079 883 31.64 40 94.09 55.24 50.81 53.26 -5.4
HIV1ID0028 HIV1ID0080 838 18.01 10 89.13 39.04 50.81 55.36 -4
HIV1ID0028 HIV1ID0081 750 30.12 20 91.44 47.19 50.81 61.44 -4.6
HIV1ID0028 HIV1ID0082 613 15.74 10 87.78 37.84 50.81 54.11 -4
HIV1ID0028 HIV1ID0083 571 30.96 10 91.32 44.09 50.81 50.93 -3.4
HIV1ID0028 HIV1ID0084 515 13.46 10 83.2 35.55 50.81 54.09 -3.1
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HIV1ID0031 HIV1ID0231 524 29.93 10 89.85 43.26 56.44 56.76 -6.5
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